1、皮质：以胸腺上皮细胞为支架，间隙内含有大量胸腺细胞和少量基质细胞。胸腺上皮细胞，又称上皮性网状细胞。皮质的上皮细胞分布于被膜下和胸腺细胞之间，多呈星形，有突起，相邻上皮细胞的突起间以桥粒连接成网。
2、髓质：内含较多胸腺上皮细胞、少量初始T细胞和巨噬细胞等。髓质上皮细胞呈多边形，胞体较大，细胞间以桥粒相连，也能分泌胸腺素，部分胸腺上皮细胞构成胸腺小体。