商品房内部认购书是否合法要视情况而定，具体如下：
1、商品房预售实行许可制度，开发企业进行商品房预售，应当向房地产管理部门申请预售许可，取得《商品房预售许可证》。
2、未取得《商品房预售许可证》的，不得进行商品房预售，在这种情况下，房子内部预购是不合法的。
商品房预售许可依下列程序办理：
1、受理。开发企业按本办法第七条的规定提交有关材料，材料齐全的，房地产管理部门应当当场出具受理通知书；材料不齐的，应当当场或者5日内一次性书面告知需要补充的材料。
2、审核。房地产管理部门对开发企业提供的有关材料是否符合法定条件进行审核。开发企业对所提交材料实质内容的真实性负责。
3、许可。经审查，开发企业的申请符合法定条件的，房地产管理部门应当在受理之日起10日内，依法作出准予预售的行政许可书面决定，发送开发企业，并自作出决定之日起10日内向开发企业颁发、送达《商品房预售许可证》。
4、公示。房地产管理部门作出的准予商品房预售许可的决定，应当予以公开，公众有权查阅。
【法律依据】：
《城市商品房预售管理办法》第六条
商品房预售实行许可制度。开发企业进行商品房预售，应当向房地产管理部门申请预售许可，取得《商品房预售许可证》。
未取得《商品房预售许可证》的，不得进行商品房预售。
第七条
开发企业申请预售许可，应当提交下列证件（复印件）及资料：
（一）商品房预售许可申请表；
（二）开发企业的《营业执照》和资质证书；
（三）土地使用权证、建设工程规划许可证、施工许可证；
（四）投入开发建设的资金占工程建设总投资的比例符合规定条件的证明；
（五）工程施工合同及关于施工进度的说明；
（六）商品房预售方案。预售方案应当说明预售商品房的位置、面积、竣工交付日期等内容，并应当附预售商品房分层平面图。