法律分析：员工在发现公司犯罪行为时，应及时向有关部门进行举报。根据《刑法》规定，犯罪行为应当受到法律制裁，员工对公司犯罪行为的举报也属于法律的规定。同时，员工的举报应当保护其个利和安全，避免遭受报复。
法律依据：
1.《刑法》第三十一条：任何单位或者个人发现他人犯罪，应当及时向机关报告。
2.《刑事诉讼法》第二十一条：任何人都有权向司法机关举报犯罪行为，但必须提供证据。
3.《劳动法》第四十六条：用人单位不得因劳动者履行法定职责而降低其待遇或者给予其他不利后果。
总结：员工在发现公司犯罪行为时，应当及时向有关部门进行举报，以维护社会公正和个益。同时，相关部门应当对举报人进行保护，避免其遭受报复。